Das Allgäuer Rind sowie die anderen Braunviehschläge gehen auf das sogenannte „bos taurus brachyceros“, das europäische Kurzhornrind zurück.
Durch unterschiedliche Umwelteinflüsse in unterschiedlichen Regionen entwickelten sich über Jahrhunderte hinweg verschiedene Typen, auch Landschläge genannt. So gab es in den Alpen die Allgäuer, Montafoner, Schwyzer, Lechtaler und Oberinntaler Schläge.
Im Vergleich zu anderen Braunviehschlägen hatte der Allgäuer das geringste Gewicht (8-10 Zentner), was für die steilen, hohen und oft schwer zu begehenden Allgäuer Alpen von Vorteil war. Ihr einfarbiges Haarkleid reichte von schwarzbraun bis zum hellsten weißgrau oder weißgelb. Die dachsgrauen Rinder überwogen jedoch, weswegen man auch vom „Allgäuer Dachs“ sprach. Schwarze Hornspitzen, helle Haarbüschel in den Ohren und das weißumsäumte, dunkle Flotzmaul, sowie der unverkennbare Aalstrich auf dem Rücken waren markante Kennzeichen. Das Allgäuer Vieh zeichnete sich vor allem durch seine Milchergiebigkeit, Zugtüchtigkeit, Langlebigkeit und seinen vergleichsweise geringen Futterbedarf aus.
Vor dem 19. Jahrhundert war die Rinderzucht die wichtigste Erwerbsquelle im Allgäu. Als im Jahr 1800 die Rinderpest auch ins Allgäu kam, Krieg, Hungersnöte und Missernten die Menschen verarmten, linderten die Bauern ihre Not durch Verkauf von guten Allgäuern Kühen und Kälbern, die sie im Gegenzug durch schlechtere Tiere anderer Rassen ersetzten.Etwa 1830 kam die Milchwirtschaft im Allgäu auf. Die große Nachfrage nach Käse (Emmentaler und Limburger) ließ viele Sennereien entstehen, die die Bauern durch steigende Milchpreise zur Milcherzeugung animierten. Dabei wurde das gute Jungvieh verkauft und dieKälberaufzucht vernachlässigt. Um mehr Milch an die Käsereien liefern zu können kauften sie billige Milchkühe anderer Rassen, das das Allgäuer Braunvieh ersetzte und mit ihm gekreuzt wurde. Diese Entwicklung führte weitgehend zum Niedergang der Allgäuer Braunviehzucht.
Erst die Gründung von Zuchtverbänden schaffte die Voraussetzung für eine systematische und einheitliche Zucht. Die 1893 gegründete Allgäuer-Herdbuch-Gesellschaft importierte dann Zuchtstiere des verwandten Schweizer Braunvieh und paarte diese mit dem Restbestand des Allgäuer Braunviehs. Die Zuchterfolge waren bescheiden und erst Mitte des 20. Jahrhunderts ließ sich durch moderne Zuchtmethoden und einer verbesserten Futtergrundlage die Milchleistung in den Allgäuer Herdbuchbetrieben auf durchschnittlich 6500 kg verdoppeln.
Mitte der 60er Jahre des 20. Jahrhunderts wurde im Allgäu begonnen die amerikanische Milchrasse „Brown Swiss“ einzukreuzen. Die Aussicht auf eine an die standartisierten Haltungs- und Fütterungsbedingungen angepasste Rinderrasse mit einer schnellen Leistungssteigerung verdrängte das bodenständige Allgäuer Braunvieh beinahe vollkommen.
Heute gibt es noch ca. 200 Muttertiere des reinen Allgäuer Braunvieh ohne Brown-Swiss-Blutanteil.